En cada país participante es implementada uan Secretaría nacional de IDEASS, en el ámbito de una institución competente e interesada en coordinar la iniciativa. An Albania y Cuba esta función se garantiza por las respectivas Academias nacionlaes de Ciencias. En otros países, son las Universidades quienes desarrollan estas funciones. En todos los trabajos de la Secretaría participan activamente lso coordinadores de los programas promotores. Todas las actividades de IDEASS en el país son realizadas con la colaboración activa de las acutoridades nacionales responsables de los programas promotores y de la cooperación sur-sur.

Cada Secretaría nacional, en estrecha colaboración con la base internacional, tiene a su cargo estas funciones:

• Realiza las actividades necesarias para identificar las innovaciones creadas en el país, con la colaboración de todas las instancias interesadas y también a través de concursos específicos.
• Implementa las actividades de identificación de las demandas de innovación.
• Organiza las misiones en el país de los autores de las innovaciones que han generado interés.
• Organiza eventos de promoción de las innovaciones con todos los actores nacionales interesados.
• Apoya, en el marco de los grupos de trabajo ad hoc, la formulación de los proyectos de cooperaión sur-sur y sur-sur-norte.
• Realiza las actividades de promoción de los proyectos de cooperación sur-sur y sur-sur-norte con las instancias de cooperación internacional y de cooperación descentralizada que operan en el país.
• Apoya la realización de los proyectos de cooperación sur-sur y sur-sur-norte, garantizando su monitoreo y reporting e información oportuna.